Среди друзей Пеньковского был начальник ГРУ генерал Иван Александрович Серов и начальник Главного управления ракетных войск и артиллерии (ГРАУ) Главный маршал артиллерии Сергей Сергеевич Варенцов. Сведения, добытые Пеньковским (почти 5500 кадров, отснятых за полтора года микрофотокамерой "Минокс"), представляли огромную ценность. Среди них были последние данные о советских межконтинентальных баллистических ракетах (их оказалось на несколько тысяч меньше, чем предполагали США), степенях боевой готовности, очередности проверок и пуска советских стратегических ракет, статистические данные о точности попадания ракет и выявленных в ходе огневых испытаний дефектах. Сведения Пеньковского о том, что в СССР возросла роль ракет и программ космических вооружений, заставили НАТО всерьез пересмотреть свою стратегию. В самые напряженные моменты над обработкой данных Пеньковского, который работал одновременно на СИС и ЦРУ, трудились двадцать американских и десять английских аналитиков. Эффективный сбор разведданных был необходим Западу для того, чтобы мирным путем урегулировать Карибский кризис еще до того, как на Кубе будут размещены ракеты.

...14 октября 1962 года самолет "У-2", совершивший облет кубинской территории, сделал первые снимки строящихся стартовых позиций для баллистических ракет. Аналитикам ЦРУ удалось определить характер сооружений благодаря секретным документам, в которых содержались подробные сведения об этапах строительства стартовых позиций. Эти окументы Пеньковский тайно переснял в Главном ракетно-артиллерийском управлении, куда ему удалось проникнуть благодаря дружбе с Главным маршалом артиллерии Варенцовым. 16 октября фотографии легли на стол президента США. Кеннеди отреагировал на это известие, создав засекреченный комитет по управлению кризисом, известный как Иском (Исполнительный комитет Совета национальной безопасности), который в течение последующих тринадцати дней поминутно следил за развитием событий. К 19 октября облеты "У-2" предоставили Искому доказательства существования девяти строящихся пусковых площадок для баллистических ракет. 22 октября Кеннеди объявил об установлении американской блокады для обеспечения "строгого карантина на поставки всех видов наступательных вооружений на Кубу". Почти на целую неделю над миром нависла угроза ядерной катастрофы.

- Ну что, Георгий, есть у вас ракеты на Кубе или нет?

- Нет, - ответил Большаков.

- О'кэй. Бобби просил меня передать тебе, что они у вас там есть. Так Хрущев сказал - президент только что получил телеграмму из Москвы.

Для Большакова эта новость была "как гром среди ясного неба".

После дискредитации Большакова Москва подобрала новую кандидатуру для организации "секретного канала связи" с Белым домом. Преемником Большакова стал резидент КГБ в Вашингтоне Александр Семенович Феклисов, который прекрасно зарекомендовал себя в Центре, успешно выполняя задания по линии ПР в Лондоне в конце сороковых годов. Феклисов работал резидентом в Вашингтоне с 1960 по 1964 год под псевдонимом Фомин. В 14 часов 30 минут 26 октября он позвонил корреспонденту Американской радиовещательной корпорации в госдепартаменте Джону Скали (впоследствии представитель США в ООН), который, как знал Феклисов, был вхож в Белый дом. Судя по голосу, Феклисов был взволнован. Он попросил Скали встретиться с ним через десять минут в ресторане "Оксиденталь" на Пенсильвания Авеню. В "Оксидентале" он сказал, что хотел бы передать важное сообщение. Согласятся ли США публично обещать, что не предпримут агрессии против Кубы, если Советский Союз выведет оттуда ракеты? "Не могли бы вы выяснить это по своим каналам в госдепартаменте?" - спросил он. Феклисов и Скали вновь встретились в 19 часов 35 минут в кафетерии отеля "Стадтлер Хилтон". Скали сообщил, что он связался с госсекретарем Дином Раском, и того предложение Феклисова заинтересовало. К тому времени уже было получено пространное и полное эмоций послание от Хрущева, в котором содержалось примерно такое же предложение. Никакой официальной сделки так и не было заключено, но предложение, впервые прозвучавшее из уст Феклисова в ресторане "Оксиденталь", было положено в основу урегулирования кризиса. 28 октября Хрущев объявил, что стартовые площадки на Кубе будут демонтированы. В свою очередь, США обязались не вторгаться на Кубу и вывести из Турции ракеты "Юпитер", срок службы которых уже истекал. Но, несмотря на эти уступки, авантюра Хрущева с треском провалилась.

...Главную проблему для Хрущева после урегулирования Карибского кризиса представляли отношения с разгневанным Фиделем Кастро, который был возмущен тем, что Москва урегулировала кризис, даже не посоветовавшись с ним. Успокоить Кастро поручили бывшему резиденту КГБ в Гаване, а ныне советскому послу на Кубе Александру Шитову, которому удалось сохранить дружеское расположение кубинского лидера. Позднее Шитов хвастался в Московском центре, что во время Карибского кризиса он стал личным советником Фиделя. Для Кастро советское посольство было вторым домом, иногда они с Шитовым даже вместе готовили на посольской кухне.

В самый разгар кризиса был арестован Олег Пеньковский, сведения которого играли ключевую роль как при возникновении, так и при урегулировании Карибского кризиса. На след Пеньковского Второе главное управление (контрразведка) напало совершенно случайно, во время слежки за британским посольством в 1962 году.

До 1959 года в КГБ считалось, что, не рискуя напрямую контактировать со своими агентами на территории СССР, западные разведслужбы встречаются с ними лишь за рубежом, а в Советском Союзе ограничиваются связью через "почтовые ящики". Однако в октябре 1959 года был арестован офицер ГРУ подполковник Петр Попов, который шесть лет назад был завербован ЦРУ в Вене и передавал информацию своему оператору в Москве. Делал он это "в одно касание", когда два человека как бы случайно сталкиваются в толпе. После дела Попова начальник Второго главного управления генерал Олег Михайлович Грибанов решил в 1960 году периодически организовывать наблюдение за посольствами США и Великобритании. Эти колоссальные по размаху операции проводились два раза в год на протяжение двух недель, причем наблюдение устанавливалось за членами семей дипломатов, за проживающими в Москве корреспондентами и бизнесменами, а также за сотрудниками посольств. Слежка велась в основном силами оперативных групп из Седьмого (наружное наблюдение) управления, которые действовали по указанию Второго главного управления. В начале 1962 года одна из таких групп взяла под наблюдение жену московского оператора Пеньковского из СИС Дженит Чизолм, когда та выходила из посольства, чтобы получить очередную партию микропленок от Пеньковского. В районе Арбата наблюдатель из Седьмого управления заметил контакт "в одно касание" между Чизолм и неизвестным русским. Двое из наблюдателей "проводили" госпожу Чизолм до самого посольства, но, поскольку им было приказано не обнаруживать себя, они ее не остановили и не потребовали, чтобы она передала им полученный пакет. Двое других сотрудников пошли за Пеньковским, но через двадцать минут потеряли его из виду. С этого момента Второе главное управление уже знало, что у СИС есть агент в Москве, и заподозрило, что речь, возможно, идет о крупной сети английских шпионов, но пока никаких сведений, указывающих на Пеньковского, у него не было.

Однако вскоре после этого чрезмерная самоуверенность Пеньковского поставила его на грань провала. Все офицеры ГРУ и КГБ, посещавшие западные посольства, должны были заранее согласовывать свои посещения со Вторым главным управлением. Как-то раз, отправляясь на прием в английское посольство, Пеньковский пренебрег этой простой формальностью. Когда Второе главное управление возмутилось, генерал Серов - начальник ГРУ и один из собутыльников Пеньковского - написал от своего имени примирительное письмо с просьбой замять это недоразумение. Сделав вид, что удовлетворен извинениями Серова, генерал Грибанов лично распорядился, чтобы за Пеньковским установили наблюдение дома и на службе. С помощью камеры с дистанционным управлением, установленной в цветочном ящике на окне соседей Пеньковского, удалось заснять, как он тщательно настраивает радиоприемник на определенную волну, слушает передачу и делает какие-то пометки.

...В июле 1962 года, когда в Москву приехал английский бизнесмен Гревилл Уинн, которого СИС использовала в качестве курьера, Пеньковский опять нарушил правила конспирации, встретившись с Уинном в его номере в гостинице "Украина". Этого было достаточно, чтобы у Второго главного управления возникли вполне определенные подозрения. Еще более подозрительным было то, что, войдя в номер Уинна, Пеньковский включил радио и открыл краны в ванной, чтобы заглушить разговор. Техническим экспертам Грибанова все же удалось расшифровать обрывки разговора, и это явилось первым свидетельством того, что Пеньковский занимается шпионажем. После этого Второе главное управление отправило семью, жившую этажом выше квартиры Пеньковского, в отпуск на Черное море, просверлило небольшое отверстие в потолке и установило миниатюрную камеру размером с булавочную головку, с помощью которой удалось увидеть, как Пеньковский пользуется фотоаппаратом "Минске", кодами и одноразовыми шифрблокнотами. Чтобы провести доскональный обыск в квартире, Второе главное управление разработало план, который бы позволил выманить его на несколько дней из дома. Токсикологи КГБ обработали стул Пеньковского ядовитым составом, после чего Пеньковский ненадолго, но очень серьезно заболел. Врачи из ГРУ, должным образом проинструктированные, объявили ему, что на несколько дней придется лечь в госпиталь. За эти несколько дней сотрудникам ВГУ удалось обнаружить в квартире Пеньковского обычные шпионские принадлежности. Однако сразу его брать не стали в надежде, что, оставшись на свободе, он выведет чекистов на крупную шпионскую группу. В ходе Карибского кризиса основная масса информации поступала от электронной разведки, успехам которой немало способствовало внедрение КГБ в Агентство национальной безопасности и американское посольство в Москве. Говорят, после кризиса Хрущев даже "объявил благодарность ГРУ за предоставленные ему данные перехвата телефонных разговоров в Вашингтоне, которые помогли пролить свет на события и обсуждения, происходившие в официальных кругах, и, в конечном итоге, способствовали окончательному урегулированию кризиса." Однако, принимая во внимание темпы развития кризиса и ту завесу секретности, которая окружала деятельность Искома, электронная разведка, скорее всего, давала лишь весьма ограниченное представление о тех важнейших решениях, которые принимались президентом и узким кругом его советников. Несмотря на настойчивые требования Центра, резиденту КГБ в Вашингтоне Феклисову, похоже, не удалось добыть большого количества достоверной развединформации. Главный источник информации Феклисова во время Карибского кризиса имел много общего с Пеньковским. Это был офицер военной разведки США по кличке "Саша", который во время службы в Германии в 1959 году был завербован Михаилом Александровичем Шаляпиным. Саша был платным агентом (в Германии он залез в долги, связавшись с немецкой любовницей, которая тянула из него деньги). По словам Юрия Носенко, за деньги КГБ он поначалу поставлял "целые чемоданы" документов военной разведки. Саша в 1962 году был переведен в Вашингтон, но, не имея доступа к материалам Искома, мог добывать лишь второстепенную информацию.

Саше удалось пережить Карибский кризис, Пеньковскому же повезло меньше. Как раз в тот момент, когда кризис достиг своей наивысшей точки, камера, спрятанная в потолке его квартиры, позволила увидеть, как он рассматривает поддельный паспорт. Опасаясь, что в действие приводится план побега, Грибанов приказал немедленно арестовать Пеньковского. Только 2 ноября СИС и ЦРУ стало известно о провале. В этот день на одном из фонарных столбов в Москве появился условный знак, который означал, что Пеньковский оставил в "почтовом ящике" материал для передачи. Сотрудник ЦРУ, явившийся к тайнику, был схвачен КГБ и заявил о своем дипломатическом иммунитете. Его задержание вызвало довольно комичное межведомственное недоразумение во Втором главном управлении. До тех пор, пока у "почтового ящика" не появился сотрудник ЦРУ, в КГБ ошибочно полагали, что Пеньковский работает только на СИС (в то время, как он был действующим лицом совместной с ЦРУ операции), поэтому им занимался Второй (Англия, Канада, Океания) отдел Второго главного управления, который отказывался посвящать в свои дела Первый (американский) отдел. Когда же озадаченный сотрудник ЦРУ признался, кто он такой, Второй отдел был вынужден, к величайшему своему неудовольствию, заканчивать дело Пеньковского совместно с конкурирующим Первым отделом.

Пеньковского жестоко пытали во время продолжительных допросов, потом на показательном процессе в мае 1963 года он был приговорен к смертной казни и расстрелян. После разоблачения Пеньковского в опале оказался его собутыльник - генерал Серов, бывший председатель КГБ. После того, как Пеньковский был арестован, Серова сняли с должности начальника ГРУ. Вскоре, после тяжелого запоя, он застрелился в одном из арбатских дворов.

Единственным сообщением о его смерти была небольшая заметка, подписанная анонимной группой бывших товарищей...